南京博物院和南京市博物馆是两个不同的博物馆，南京博物院和南京市博物馆的地理位置不一样，而且南京博物院是免费开放的，南京市博物馆是需要购买门票的，更多区别详情见下文。
1、地理位置
南京博物院位于南京市玄武区中山东路321号;
南京市博物馆位于南京市朝天宫4号 。
南京城区内一东一西的两座博物馆遥遥相望。如果哪天和朋友约了去逛朝天宫南京市博物馆，可别跑到中山门南京博物院去了。
2、身份不同
南京博物院是江苏省文化厅管辖的博物馆;
南京市博物馆是南京市一级的博物馆，是南京市文广新局下辖单位。
3、门票价格
南京博物院是免费开放的综合性博物馆;南京市博物馆需要购买门票，门票价格为25元/人。
南京博物院是虽然免费开放，但需要预约，历史馆、特展馆、艺术馆，10:00和14:00有免费的导游讲解，每个馆的导游只讲解本馆的内容。你想听哪个馆的讲解，就提前半小时到该馆的服务台联系导游事宜。
南京市博物馆是收费的，票价25元，喜爱南京本土气息的小伙伴们可不要错过了。
4、侧重点不同
南京市博物馆(朝天宫)是一座保留了红墙黄瓦的博物馆，是南京市博物总馆分支机构，是一座综合性历史艺术类博物馆，常设展览有《龙蟠虎踞——南京城市史展》、玉堂佳器——馆藏精品展》、《云裳簪影——馆藏宋明服饰展》等等精彩展览。
南京博物院是中国三大博物馆之一，一院六馆，由历史馆、艺术馆、特展馆、数字馆、民国馆和非遗馆组成。馆内藏品42余万件，各式名贵珍品，不仅是参观用途，也有着历史发掘、研究的意义。历史馆常设“江苏古代文明展”;艺术馆按照艺术品的质地分类展陈馆藏珍品;特展馆重点打造一流水平的精品展览;非遗馆通过动态方式展示江苏省国家级非物质文化遗产名录项目;民国馆重点展示民国时期首都南京的社会生活风情;数字馆以网络科技和现场互动相结合的方式，带给观众全新的古代文明体验。
